春秋末年，巴城属吴国管辖，位于都城姑苏的东部。

    昆山行政区划图(2张)新石器时期，昆山地方已有人类活动。
    夏、商时期，地属扬州。
    周时地称娄邑（见载于清代《昆山县志》），属吴国。
    战国吴王夫差二十三年（前473年），越灭吴，地属越国。楚威王（前339年-前329年）灭越，地属楚国。
    公元前221年，秦统一中国，实行郡县制，置疁县，属会稽郡—— 公元前223年，秦灭楚后在吴、越故地置会稽郡，以吴县（今苏州市区）为郡治（首府）。
    公元前207年，西汉改疁县为娄县。
    西汉高祖六年（前201年），娄县属荆国。高祖十一年（前196年），荆国除，娄县属会稽郡。高祖十二年（前195年），立刘濞为吴王，治荆国旧地，娄县属吴国。景帝四年（前153年），吴国废，立刘非为江都王，治吴国旧地，娄县属江都国（见《汉书》、《史记》、《晋书》）。武帝元狩二年（前121年），江都国废，娄县属会稽郡。王莽始建国年间（公元9-13年），娄县更名娄治，属会稽郡。
    东汉建武十一年（35年），复名娄县，仍属会稽郡。永建四年（129年），分会稽郡置吴郡，娄县属吴郡。
    三国、晋、南朝宋齐，娄县属吴郡。
    南梁天监六年（507年），分吴郡设信义郡，分娄县置信义县，属信义郡，余下的娄县仍属吴郡。
    南梁大同三年（536年），娄县改名昆山县，改属信义郡，昆山县范围大致与秦疁县相同。
    隋文帝重新统一中国后，开皇九年（589年），废信义郡、信义县、昆山县，两县地归苏州（此时苏州已得名）。开皇十八年（598年），复置昆山县，属苏州。大业元年（605年），苏州改为吴州；大业三年（607年），吴州改为吴郡，昆山均为属县。
    唐武德四年（621年），吴郡改为苏州；天宝元年（742年），苏州复为吴郡；乾元元年（758年），复改吴郡为苏州，昆山均为属县。期间天宝十年（751年）分昆山县南部、嘉兴县东部、海盐县东北部置华亭县（后松江、上海）。
    五代后梁开平元年（907年），封钱镠为吴越王，昆山属吴越国苏州。
    后唐同光二年（924年），吴越置中吴军治苏州，昆山属苏州。
    北宋太平兴国三年（978年），吴越国除，改苏州为平江军，昆山属平江军。政和三年（1113年），升平江军为平江府，昆山属平江府。
    南宋嘉定十年十二月（1218年1月），析两浙西路平江府昆山县东部春申乡、临江乡、安亭乡、平乐乡、醋塘乡共5乡，置嘉定县（以年号为名）。
    元至元十三年（1276年），升平江府为平江路，昆山属平江路。元贞元年（1295年）因户口增多，升昆山县为昆山州，仍属江浙行省平江路。至正十六年（1356年），张士诚取平江路，改称隆平府，昆山县属隆平府。次年，张士诚降元，隆平府复为平江路，昆山州属平江路。至正二十七年（1367年），平江路改为苏州府，昆山州属苏州府。
    明洪武二年（1369年），降昆山州为县，仍属苏州府。
    明弘治十年（1497年），析昆山新安、惠安、湖川3乡建太仓州。余下的昆山县仍属苏州府管辖（其范围已与今昆山市基本吻合）。
    清雍正三年（1725年），分昆山县西北部置新阳县，两县同城分治。咸丰十年（1860年）四月，太平天国忠王李秀成部将江南文将帅李文炳取昆山、新阳两县，为避南王冯云山讳，改昆山名昆珊，两县同属太平天国苏福省。同治二年（1864年）四月，太平军退走，复名昆山，与新阳县同属苏州府。
    中华民国元年（1912年），昆山、新阳两县合并，仍名昆山县，属江苏省上海道。民国3年6月，省改设5道，昆山属苏常道。民国16年废道，直属江苏省。民国22年，省设13个行政督察区，昆山属第三区行政督察专员公署。同年12月，省改设9个行政督察区，昆山属无锡区督察专员公署。民国24年9月，省改设10个行政督察区，昆山属第二区行政督察专员公署。民国26年11月15日，日军占领昆山。民国27年5月，直属日伪江苏省政府。民国29年3月，汪伪国民政府在南京成立，昆山直属伪江苏省政府。民国34年8月，抗日战争胜利，伪政府倒台。34年9月，昆山属江苏省江南行署。34年10月，省撤江南行署，建第二区行政督察专员公署，昆山为属县。民国37年4月，省改设9个行政督察区，昆山隶属不变。
    1949年5月13日昆山解放，属华东军政委员会苏南苏州行政区专员专署。1950年10月14日，苏南苏州行政区专员公署改称苏南人民行政公署苏州专员公署，昆山属苏州专员公署。1953年1月1日，江苏省人民政府成立，昆山属江苏省苏州专员公署。1968年3月26日，苏州专员公署改称苏州专区革命委员会，1971年4月13日更名苏州地区革命委员会，1978年7月改为苏州地区行政公署，昆山均为属县。1983年1月18日，经国务院批准江苏省实行市管县新体制，3月1日撤苏州地区行政公署，昆山县属苏州市。1989年国务院批准昆山撤县建市。
    2011年，昆山市被列入江苏省省直管县（市）试点，江苏省委省政府以及省直有关单位直接管理昆山绝大部分事务，但是行政区划依旧隶属于苏州市，昆山市的干部仍然属于苏州市管理。